Maa- ja elintarviketalous 48. Maa- ja metsätalousministeriön päätöksellä aloitettiin vuonna 1999 laaja kansallinen rukiin tutkimushanke. Tuolloin rukiin ongelmia olivat alituotanto ja suuri tuotannon vaihtelu vuodesta toiseen. Lisäksi rukiilla ilmeni usein laatuongelmia sateisten kasvukausien seurauksena. Monipuolisen tutkimus-hankkeen avulla pyrittiin ratkaisemaan rukiin tuotannon ongelmia ja hankkimaan lisätietoa terveysvaikutteisista yhdisteistä. Valtion rahoittama hanke toteutettiin vuosina 1999-2003. Aiemmin viljellyt ruislajikkeet olivat ominaisuuksiltaan osin epätyydyttäviä. Niinpä uusien lajikkeiden tarve oli suuri. Tehostetun jalostusohjelman tuloksena koevaiheeseen saatiin sarja lupaavia numerolinjoja ja laaja jalostusaineisto. Biotekniikkatutkimuksella etsittiin geenimerkkejä helpottamaan lyhytkortisuus- ja tähkäidännän kestävyysgeenien havaitsemista. Tässä käytettiin hyväksi myös kehitettyä kaksoishaploiditekniikkaa. Rukiin viljelytekniikassa oli aikaisemmin monia ratkaisemattomia ongelmia. Sen vuoksi hehtaarisadot jäivät pienemmiksi kuin muilla viljoilla. Hankkeen tutkimuksissa kehitettiin toimenpiteitä käytännön viljelyä varten. Rukiista löydettiin myös uusia bioaktiivisia yhdisteitä. Ruisnäytteiden leivontakelpoisuus sekä jyvien sisältämän ravintokuidun määrä ja laatu vaihtelivat suuresti lajikkeesta ja kasvukaudesta riippuen.