Esta investigación se enmarca en algunos de los principales debates teóricos sobre la innovación territorial, aportando una estructura argumental sobre la relación entre las características territoriales y la capacidad innovadora. Junto a lo anterior, su principal contribución es la metodología utilizada, pues ayuda a sistematizar la investigación sobre esta temática, seleccionando y proponiendo una amplia batería de indicadores sobre recursos, esfuerzos y resultados vinculados a la innovación, aplicando diferentes técnicas estadísticas y presentando la información a escala municipal. Se propone, así, una metodología que sirve para la identificación y la caracterización de los diferentes modelos territoriales de innovación en función de la predisposición y la capacidad innovadora, las condiciones territoriales y la especialización productiva de los distintos espacios. La elección de Andalucía como ámbito de estudio resulta de especial interés puesto que, pese a los obstáculos con los que cuenta, dispone de recursos y potencialidades que pueden contribuir a favorecer la generación y difusión de conocimiento e innovación; tales procesos parecen erigirse en factores cruciales para la puesta en valor diferenciada del capital del que disponen los distintos territorios, lo que puede resultar clave en un momento de crisis económica como el actual.