I början av 1900-talet föds en dövstum pojke i en iransk landsortsstad. Som vuxen blir han känd under namnet Agha Akbar och försörjer sig som mattreparatör. Agha Akbar har på grund av sitt handikapp svårt att kommunicera med sin omgivning och förstår inte allt som händer omkring honom. Han kan göra sig förstådd med sin familj med hjälp av ett enkelt teckenspråk, men kan varken läsa eller skriva på vanligt sätt. Däremot för han en märklig dagbok skriven med kilskriftsliknande tecken, inspirerade av ett närbeläget fornminne. Efter Agha Akbars död försöker sonen Ismaiel uttolka kilskriftsanteckningarna för att berätta sin fars livshistoria. Dagbok i kilskrift är en gripande berättelse om en annorlunda mans annorlunda liv, och Irans 1900-talshistoria sedd genom hans ögon.