Maatalouden ympäristötuen vesistövaikutuksia selvittänyt MYTVAS 2 -tutkimus osoitti, että peltomaiden fosfori- ja typpitaseiden ylijäämät pienentyivät 1990-luvun alusta lähtien nopeasti. Ravinnetaseet laskivat edelleen ympäristöohjelmakausien 1995-2006 aikana. Fosforitaseiden pienentymisestä huolimatta helppoliukoisen fosforin pitoisuus lisääntyi peltojen pintakerroksessa todennäköisesti aina 1990-luvulle saakka, ja kasvu taittui vasta 2000-luvun alussa. Typpitaseet pienenivät kaikkein vähiten Lounais- ja Länsi-Suomessa, missä maatalouden merkitys sisävesistöjen ja Itämeren kannalta on muuta maata suurempi. Jokivesissä ja pienillä valuma-alueilla tai vastaanottavissa vesistöissä havaittiin lähinnä vuosittaisesta hydrologiasta ja säästä johtuvia muutoksia. Maataloudesta peräisin oleva kokonaisfosforin kuormitus näyttäisi kuitenkin hieman vähentyneen ympäristöohjelmakausien aikana, mutta typen kuormitus on saattanut jopa lisääntyä. Ympäristöohjelmakausien lannoitusrajat aiheuttivat vain harvoin tulonmenetyksiä pienentyneinä satoina. Vaikka lannoitusmäärät laskivat huomattavasti, viljasadon määrä ja laatu säilyivät ympäristöohjelmakausien aikana pääosin ennallaan. Euroopan unioniin liittymisen myötä alentuneet tuottajahinnat aiheuttivat maatiloille tulonmenetyksiä, joita ympäristötuki korvasi erityisesti kasvintuotantotiloilla. Tilatasolla ympäristöohjelmakausiin liittyi epävarmuus tuotannon jatkumisesta, pellonvuokrauksen yleistyminen ja perusparannusten kalleus. Seuraksena on voinut olla peltomaiden kasvukunnon heikentyminen esimerkiksi maan tiivistymisen vuoksi. Maan rakenteen heikentyminen, vesitalouden ongelmat ja kalkituksen laiminlyönti lisäävät eroosioriskiä, rajoittavat satotasoa ja huonontavat ravinnetaseita. Jos ylijäämäisiä ravinnetaseita saadaan edelleen pienennettyä etenkin intensiivisesti viljellyllä rannikkoalueella, huuhtoutumisalttiin typen ja fosforin määrä vähenee peltomaissa. Ympäristöohjelmien sekä muun maatalous- ja tukipolitiikan tulisi kuitenkin huomioida nykyistä enemmän myös peltomaan rakenteeseen liittyvät riskitekijät ja keskittyneen kotieläintalouden asettamat haasteet. Vesistökuormituksen nykyistä tehokkaampi rajoittaminen edellyttää ympäristöohjelmien toimenpiteiden kohdentamista eniten kuormittaville alueille. Lisäksi ravinnetaseita on pienennettävä erityisesti kotieläintuotantoalueilla maan lounais- ja länsiosissa ja fosforilannoitusta on vähennettävä vastaamaan todellista kasvien tarvetta. Pysyvästi kasvipeitteisiä suojavyöhykkeitä tarvitaan lisää kaltevilla, eroosioherkillä pelloilla. Myös nurmialaa on laajennettava ja muita eroosiota estäviä ja maan rakennetta parantavia menetelmiä on otettava käyttöön eteläisessä Suomessa.