Toisen maailmansodan aikaan Yhdysvallat sai selville Saksan pyrkimyksen rakentaa ydinase. Se oli uhka maailmalle. Yhdysvallat hyppäsi kilpajuoksuun mukaan käynnistämällä nopeasti maan ensimmäisen "mustan projektin", jonka tuloksena syntyi maailman ensimmäinen ydinpommi. Japaniin pudotettujen ydinpommien jälkeen Neuvostoliiton ja Yhdysvaltojen välit jäähtyivät. Se johti kylmään sotaan, vakoilu- ja asevarustelukierteeseen sekä salaisten mustien projektien aaltoon.
Kylmän sodan aikaan sijoittuva "Mustat projektit" kertoo paitsi kyseenalaisista ihmiskokeista radioaktiivisilla aineilla, lääkkeillä ja huumeilla, myös vakoilu- ja häivelentokoneiden kehitystyöstä ja salaisista operaatioista, ja niitä korvaamaan tulleista miehittämättömistä jälkeläisistä. Kuinka projektit liittyvätkään toisiinsa tiedusteluorganisaatioiden, liittovaltion virastojen, asevoimien, henkilöiden ja paikkojen kautta? Miten kylmä sota kosketti Suomea, ja ketkä Suomessa saivat CIA:n rahoitusta?
