17-åriga Smilja har flytt från inbördeskriget i Bosnien tillsammans med sin mamma och pojkvännen Marko. Det är svårt att vänja sig vid det nya livet som flykting, men Smiljas största problem visar sig snart vara förhållandet med Marko, som varit serbisk soldat. En bosnisk flykting känner igen honom, och en kväll blir han offer för ett brutalt överfall. Medan Smilja kämpar för att få Marko tillbaka till livet, blir hon och hennes mamma utfryst av de andra bosnierna. Inbördeskrigets hat har följt med dem till landet långt uppe i norr.

Krigets skuggor är en fortsättning på Torben Poulsens Le, Smilja, den rosade ungdomsromanen om inbördeskriget i Bosnien, men den kan också läsas som en självständig historia. Genom sin skildring av främlingskap och hat är den dessvärre alltid aktuell.