Pekko-eepos kertoo Viron kaakkoiskulmalla asuvien setukaisten jumalasta Pekosta. Pekko (viroksi Peko) oli hedelmällisyyden jumala, joka tekee ihmeitä nuijallaan. Eepoksen laulaja Anne Vabarna esittää salaperäisen jumalan myös inhimillisenä olentona ja sotasankarina. Pekolla on vanhemmat, vaimo Nabra, pojat Merosk ja Jorosk, Meroskin vaimo Anne, ja hänellä on myös kodinhoitajia Nabran jouduttua vangiksi sodassa.
Pekon elämänvaiheissa ovat tiiviisti mukana Jeesus ja Maria, kun eepoksen laulaja oli muiden setukaisten tavoin harras ortodoksi. Jeesus
kruunaa Pekon pellonkuninkaaksi ja setukaisten kuninkaaksi. Hänen muistokseen rakennetaan Petserin luostari.
Eepoksen lopussa on epilogi, jossa kerrotaan Jeesuksen opetuksista, orpotytöstä Lukosta, setukaisten entisestä elämästä ja heidän vaelluksestaan Siperiaan vuosina 1890 – 1914. Siperiaan he lähtivät parempien viljelysmaiden houkuttelemina.