Subnautica-pelissä kello käy ja sinun on löydettävä vettä, ruokaa ja kehitettävä laitteita, joita tarvitset tutkiaksesi ympäristöäsi. Kerää resursseja merestä, valmista veitsiä, valoja, sukellusvälineitä ja persoonallisia vesikulkuneuvoja. Seikkaile syvemmälle ja pidemmälle, löytääksesi harvinaisempia resursseja, jotka mahdollistavat kehittyneempien asioiden luomisen.

Rakenna tukikohtia merenpohjaan, valitse pohjapiirustuksia ja komponentteja ja hallitse rungoneheyttä syvyyden ja paineen kasvaessa. Käytä tukikohtaasi tallettaaksesi resurssejasi, pysäköidäksesi kulkuneuvojasi ja täydentääksesi happivarantojasi, tutkiessasi suurta valtamerta. Subnautica: Below Zero on irrallinen jatko-osa Subnautica-peliin, joka sijoittuu ajallisesti Subnautican jälkeiseen aikaan, samalle planeetalle, mutta eri sijaintiin.

Pelissä on neljä pelimuotoa, jotka ovat selviytyminen (Survival), hardcore, vapaa (Freedom) ja luova (Creative). Selviytymistila on pelaajan normaali vaikeusaste, jolla nälkä, jano ja happi ovat käytössä. Hardcore on selviytymistilan kaltainen, mutta pelaajan täytyy aloittaa täysin alusta kuollessaan. Vapaassa pelimuodossa pelaajan ei tarvitse välittää ruuasta tai vedestä. Luovassa tilassa pelaaja ei voi kuolla ja hänellä on vapaat kädet kaikkeen.