Tammikuussa 1497 dominikaaniveli ja salakirjoitusten asiantuntija Agustín Leyre lähetetään kiireesti Roomasta Milanoon seuraamaan Leonardo da Vincin Pyhän ehtoollisen valmistumista. Syynä äkkinäiseen päätökseen ovat paavi Aleksanteri VI:lle lähetetyt nimettömät kirjeet, joiden mukaan da Vinci on kuvannut opetuslapset ilman sädekehää ja lisäksi maalannut itsensä ehtoollispöytään mukaan, selin Kristukseen. Minkä vuoksi? Oliko Leonardo da Vinci kerettiläinen? Ehtoollisen salat paljastaa, mistä Leonardo on todellisuudessa voinut saada innoituksensa kristikunnan tunnetuimpaan kirkkomaalaukseen.