On tasavallan synkin hetki. Noctem-allianssi on saanut lopulta vallattua koko Elementia-palvelimen häikäilemättömän lordi Tenebriksen komennuksessa.

Element Cityn asukkaat joutuvat piileskelemään maanalaisissa luolissa, ja vaikka presidentti Stan on löytänyt jälleen ystävänsä, hellittämätön hirviömetsästäjien ryhmä jahtaa häntä edelleen. Lordi Tenebris haalii lisää voimaa ja energiaa palvelimelta, ja hänen toimintansa uhkaa aiheuttaa toimintahäiriön, joka voi tuhota Minecraftin ikiajoiksi. Aika on loppumassa. Pystyykö presidentti Stan kukistamaan pahan demonin, ennen kuin on liian myöhäistä?