Jakten på hemliga dokument från korstågens tid drar in FBI-agenten Sam Reilly i en härva av svek, terrorism och ond, bråd död när han försöker befria sin älskade Tess Chaykin.

Konstantinopel 1203:
Medan fjärde korstågets blodtörstiga härar belägrar Konstantinopel nästlar sig en hemlig grupp tempelriddare in i den östromerske kejsarens bibliotek. De är på jakt efter några hemliga dokument som rör Tempelherreordens grundande, Fondo Templari. Det är av yttersta vikt att dessa dokument inte hamnar i händerna på dogen i Venedig. Tempelriddarna hittar sin skatt och flyr med tre tunga skattkistor fyllda av dokument. Under sin flykt blir de dödade och får aldrig möjlighet att ta del av kistornas hemlighet.

Vatikanstaten, nutid:
FBI-agenten Sean Reilly, som vi mötte i Den siste tempelriddaren, har lyckats tränga in i Vatikanbibliotekets allra hemligaste avdelning i sin jakt på Fondo Templari. Till sin hjälp har han en iransk professor som varit med vid arkeologiska utgrävningar i Jordanien, åtminstone är det vad Reilly tror. När Vatikanens säkerhetstjänst får klart för sig vad som håller på att ske inne i arkivet inleds jakten på de båda männen. Reilly upptäcker att den iranske professorn i själva verket är en religiös fanatiker och terrorist, ute efter hämnd på den iranske arkeologen och Reillys tidigare medarbetare Tess Chaykin, som han kidnappat.
Terroristen undkommer och med förenade krafter försöker Reilly och Tess spåra upp honom. Jakten leder dem från Vatikanen, via Jordanien fram till Istanbul och Kappadokiens underjordiska städer i det inre av Turkiet. Platser som nämns i de historiska dokumenten, som nu fått förnyad aktualitet och direkta konsekvenser för alla inblandade.