Japani pintaa syvemmältä tarjoaa lukuisia näkökulmia japanilaiseen elämään niin tämän päivän saarivaltiossa kuin sen menneinä vuosikymmeninä ja -satoina. Kirjassa pohditaan 127 miljoonan asukkaan maahan liittyviä mielikuvia, mietitään japanilaisten kulttuurituotteiden menestyksen arvoitusta, seurataan työelämän vaativuutta sekä ihmetellään japanilaisten tyyneyttä vuoden 2011 maaliskuussa maata koetelleen katastrofin jälkeen.

Osansa huomiosta saavat japanilaiseksi kasvaminen, ihmisten uskonto- ja luontokäsitykset sekä keisarin ja median asema yhteiskunnassa. Katse suunnataan myös viime vuosikymmeniin, joiden aikana monet menettivät työnsä, tukiverkot heikentyivät ja virtuaalitodellisuudet paikkasivat ihmissuhteita.

Japanilaisessa maailmankuvassa ihminen ei ole "luomakunnan kruunu" vaan voimaton luonnon suuruuden edessä. Kirjan lopussa tarkastellaankin maanjäristyskatastrofin ja Fukushiman ydinonnettomuuden vaikutusta ihmisten arkeen ja heidän turvallisuuskäsitykseensä sekä japanilaisten arvomaailmaan.

Japanin pintaa syvemmältä astuu japanilaiseen kulttuuriin ja tutustuttaa myös puoliin, joihin maassa vieraileva matkailija harvemmin törmää.