Nyaga är den andra och avslutande delen av det rymdepos som Peter Nilson inledde med Rymdväktaren. Den oerhörda historien om de unga matematikerna som utmanade alla kända och okända makter förs här till sitt överraskande och minst sagt omvälvande slut. Liksom i första delen har berättelsen en ram: i klostret Klaradal på månen återberättar den gamle Lorentzen de äventyr som han, hans väninna Ninni och några av deras kolleger upplevde när de i början av 2000-talet kom en främmande intelligens på spåren.

När Nyaga tar vid befinner de sig i Rom, där de under påvens ledning genomför en datorsimulering av Gud. Deras program, Anselm-programmet, är det mest intelligenta datorprogram som någon jordvarelse har skapat; men de utmanar krafter som är starkare än de kunde ana. Under dramatiska omständigheter försvinner Ninni, och en serie egendomliga händelser följer slag i slag. Dramatiken fortsätter genom decennierna, in i den tid som är berättelsens nu. Också i klostret Klaradal går äventyret vidare, när hela vårt solsystem börjar röra sig in i en rymdtunnel mot en helt ny tillvaro ...