Pajulinnun huuto jatkaa Päivi Alasalmen edellisen romaanin, Joenjoen laulun, tarinaa 1500-luvun saamelaiskylässä. Soruia on synnyttänyt pirkkalaisen Kaukomielen lapsen ja palannut kotiinsa. Soruia kantaa häpeää siitä, että hänen pieni poikansa on vieraalla verellä merkitty.

Kaukomieli ilmestyy miehineen saamelaisten kylään hakemaan veroiksi turkiksia ja kultaa. Joukossa on mukana hänen poikansa Tornia, joka haluaa luoda yhteyden Soruiaan. Pirkkalaisten pappi yrittää käännyttää väkivalloin saamelaisia kristinuskoon, mutta heille noitarumpu ja jumalille uhraaminen ovat elintärkeitä. Lopulta tilanne käy sietämättömäksi, ja Soruian on jälleen otettava kohtalo omiin käsiinsä.

Pajulinnun huuto on kiehtova, taianomainen ja julma tarina, joka kuvaa Saamen kansan lohdutonta kohtaloa suomalaisten valloittajien armoilla. Se on myös taitavasti kirjoitettu romaani ihmismieltä riivaavista ikiaikaisista tunteista: säälimättömyydestä ja menetyksestä sekä surusta joka muuttuu vihaksi.