Tras haberse deshecho del malvado Dr. Dirt, el Batallón Cero deberá enfrentarse a la infame Lady Craven, que ha tomado el relevo para conquistar el Overworld. Bajo su mando, todo tipo de mobs hostiles siembran el pánico entre los aldeanos. El Batallón Cero ha sufrido algunas bajas pero pronto el grupo se ve ampliado con la llegada de De Vries y Crash, dos criminales que pretenden introducirse en el círculo de Lady Craven para derrocarlo desde dentro. Sin embargo, en ocasiones la mentira se lleva tan lejos que se confunde con la realidad, y a medida que van infiltrándose en el bando enemigo, su propia humanidad pende de un hilo.