On vuosi 1610. Navarran pikkukaupungista löydetään murhattu nainen, jonka ruumissa väitetään olevan jälkiä paholaisesta. Vasta vuotta aikaisemmin kaupungissa on poltettu roviolla yksitoista noitaa, ja nyt kansa kääntyy hätääntyneenä kirkon puoleen.

Inkvisiittori Salazar, joka on alkanut mielessään kyseenalaistaa noituuden olemassaolon, saapuu paikalle tekemään tutkimuksia. On kuitenkin tahoja, joille rahvaan pitäminen noitien pelossa sopii varsin hyvin, ja rationaalisia selityksiä noitasyytöksille etsivä Salazar halutaan raivata tieltä.

Salazarin kintereillä vaeltaa kansanuskoinen noitarohtoja kaupusteleva Mayo-tyttö, joka yrittää selvittää noidaksi epäillyn ystävänsä ja äitihahmonsa kohtaloa - ja joka langettaa lemmenloitsun traagisin seurauksin.