Nelke and the legendary alchemists : ateliers of the new world juhlistaa sarjan 20-vuotista taivaltaan ja sen kunniaksi pelaajat pääsevät maailmaan, jossa monet hahmot sarjasta ovat olemassa samassa todellisuudessa ja keskiössä on tällä kertaa kaupungin rakentaminen.

Nelke and the legendary alchemists : ateliers of the new worldissa pelaajan hahmona on nuori aatelisnainen Nelke von Lestamm, jota on aina kiehtonut muinainen legenda Granzweitin tietäjästä. Tarina kertoo Granzweit-puusta, jonka sanotaan antavan suuret voimat löytäjälleen. Nelken kasvettua hänelle valkenee, ettei hänellä välttämättä ole lahjoja alkemiaan, ja päättää opiskella kovasti auttaakseen ympäröiviä ihmisiään. Sinä päivänä, kun Nelke on valmistumassa akatemiasta, kuulee hän kuitenkin huhun, jonka mukaan etsitty puu saattaisi sijaita hänen isänsä mailla lähellä pientä Westwaldin kylää. Nelken isä antaa tälle luvan etsiä puuta, mutta yhdellä ehdolla - tämän tulee ryhtyä alueen kuvernööriksi ja kehittää Westwaldista kukoistava kaupunki. Pelaajan kehittäessä Westwaldia pienestä viehättävästä kylästä kukoistavaksi kaupungiksi, tarvitsee hän myös apua niiltä useilta alkemisteilta, jotka asettuvat kaupunkiin. Pelaaja pääsee tekemään tuttavuutta monien alkemistien kanssa, ketkä ovat esiintyneet Atelier-sarjassa aiemmin mukaan lukien Salburg, Arland, Dusk ja Mysterious -osia tähdittäneet alkemistit!