Romaanin tapahtumat sijoittuvat USA:n etelävaltioihin vuonna 1964. Tapahtumien pääosassa on neljätoistavuotias Lily Owens, jonka elämää varjostaa äidin salaperäinen kuolema. Kun Lilylle rakas kotiapulainen Rosaleen joutuu vaikeuksiin rotuerottelun leimaamassa kaupungissa, Lily päättää paeta hänen kanssaan ja selvittää samalla äitinsä kuolemaan liittyvän salaisuuden. Matkallaan Lily ja Rosaleen tekevät odottamattomia löytöjä sekä tutustuvat mehiläisten, hunajan ja Mustan Madonnan kiehtovaan maailmaan. Mehiläisten salaisuudet on tarina ystävyydestä, vapaudesta ja kaikkia ihmisiä yhdistävästä rakkauden kaipuusta. Sue Monk Kidd kuvaa mestarillisesti nuoren tytön tarvetta löytää äitinsä ja sitä kautta myös oman itsensä.