Ett år har passerat sedan attackerna som skakade Sverige. KG Segerstedt och de övriga i SNG har haft en lugn tillvaro och hunnit återhämta sig. På årsdagen efter attackernas inledning planeras en minnesceremoni, mitt i hjärtat av den svenska huvudstaden. Dagarna före kommer nya hot om attentat, skrämmande lika de som utfördes under signaturen Kodnamn Styx som försatte hela nationen i skräck. Snart visar det sig att hoten kommer att bli verklighet och det som hände för ett år sedan bara var början. Och det kommer att bli värre än någon kunnat föreställa sig. 

Kodnamn Hades är den andra delen i serien om sjukvårdens nationella insatsgrupp (SNG) och en direkt fortsättning på Kodnamn Styx. Återigen får vi följa de udda karaktärerna som leds av den erfarne traumakirurgen KG Segerstedt.