Mario ja Luigi saavat täysin uuden oman pelin jossa yhteistyö on avainasemassa. Viiksekkäät veljekset palaavat uudessa seikkailussa! Lähde Marion ja Luigin kanssa matkaan Shipshape Islandilla (osittain laiva, osittain saari) ja seikkaile Concordian laajassa maailmassa. Laukaise itsesi Shipshapen tykistä vierailemaan, tutkimaan ja suorittamaan tehtäviä saarilla, jotka vaihtelevat trooppisista sademetsistä vilkkaisiin kaupunkeihin. Tapaa uusia ystäviä matkasi varrella, kuten Connie ja Snoutlet (joka ei todellakaan ole sika), ja kohtaa tuttuja kasvoja Sienivaltakunnasta, kuten Peach ja Bowser, jotka saattavat auttaa sinua matkallasi! Sinun täytyy luottaa Marion ja Luigin veljessuhteeseen onnistuaksesi. Käytä Bros. Moves -liikkeitä päästäksesi esteiden ohitse tutkimusmatkallasi ja voimakkaita Bros. Attacks -hyökkäyksiä vuoropohjaisessa taistelussa. Tarvitset kaiken mahdollisen avun, mitä tämä "brothership" voi sinulle tarjota, pelastaaksesi päivän!