L'offerta formativa dell'Istituto Superiore di Scienze religiose di Mantova prevede due cicli, uno triennale per il conseguimento della "Laurea in Scienze Religiose" (o "Baccalaureato"), e uno specialistico biennale per il conseguimento della "Laurea Magistrale in Scienze Religiose" (o "Licenza"). Il secondo ciclo comprende due indirizzi di specializzazione: uno "pedagogico-didattico" per l'insegnamento e uno "pastorale-ministeriale".