300 elever dödas i en massaker på en högstadieskola i Malmö. Händelsen är startskottet på en rad liknande katastrofer runtom i världen. Trojanerna är en berättelse ur tre kvinnors perspektiv, om relationer i en modern apokalyps, ett samhälle som smulas sönder av paranoia och en odefinierbar fiende som vi inte kan skydda oss emot.