Los biógrafos no se ponen de acuerdo sobre las fechas de su nacimiento y muerte, parece que vivió entre 1510 y 1560. Nació en Sevilla y estudió en la Universidad de Alcalá. Fue uno de los principales cronistas de la conquista española de América; enseñó lenguas clásicas en la Universidad de Alcalá y después se hizo sacerdote y fue secretario y capellán de Hernán Cortés.
Aunque Francisco López de Gomara nunca fue a América, la historia de la conquista le fue contada por el propio Cortés y otros expedicionarios.