Vuosina 2002-2003 toteutetaan järven ekologista tilaa määrittävä hanke "Rajavesien ekologisen tilan arviointi" Interreg III A Karjala-ohjelman rahoittamana.
Pyhäjärven vesien ja vesiluonnon suojelusuunnitelma on ensimmäinen raportti tästä hankkeesta. Suunnitelmassa käsitellään Karjalan Pyhäjärven Suomen puoleisen alueen kuormittajia ja kuormitusta, järven ekologista tilaa ja vesiensuojelua. Suunnitelman tavoitteena on saada Pyhäjärven kuormitus, varsinkin hajakuormituksen osalta, vähenemään sekä varmistaa Pyhäjärven ekologisen tilan ja kalaston kohentuminen. Suunnitelmassa esitellään Pyhäjärven vesiensuojelun tavoitteet ja toimenpiteet painopistealueittain ja ehdotetaan toimenpiteiden toteuttamista yhteistyönä laadittavan toimintasuunnitelman perusteella.