Kyrönjoella tehtiin velvoitetarkkailuohjelman mukainen habitaatti- ja kasvillisuuskartoitus kesällä 2001. Tutkimusalueena oli Kyröjoen pääuoma sekä Kauhajoen uoman alaosa Pitkämön tekoaltaan täyttökanavalle asti (alavirrasta katsoen). Kyrönjoki jaettiin kahdeksaan kartalta erotettavaan alueeseen.