Aufgrund des Bestrebens, die Magdalenen-Kirche für die kirchmusikalische Ausbildung zu nutzen, wurde 2009 die weniger qualitative Hillebrand-Orgel der Nachkriegszeit durch eine neue Orgel ersetzt, die den Ansprüchen einer Musikausbildung gerecht wird. Das durch die Klosterkammer Hannover und das Bistum Hildesheim ausgeschriebene Projekt kam durch die Orgelbauwerkstatt Seifert zu höchst professioneller Ausführung. Seit Februar 2010 ist St. Magdalenen durch eine zeitlos schlicht-elegante und technisch raffinierte Orgel bereichert.