Wenn die Abenddämmerung einsetzt, wird es gefährlich rund um die Shinyo-Oberschule. Immer mehr Schülerinnen verschwinden spurlos. In den Gängen der Schule raunt man sich hinter vorgehaltener Hand den Grund zu - eine mysteriöse Gestalt namens Boogiepop mit einem schwarzen Zylinder und langem Mantel soll ihr Unwesen auf dem Gelände treiben. Die mutige Nagi Kirima ist fest entschlossen, den merkwürdigen Vorkommnissen auf die Spur zu kommen: Was hat es mit der benebelnden Droge auf sich, die unter den Schülern die Runde macht? Sind die verschwunden Mädchen wirklich alle von zu Hause ausgerissen? Und noch während Nagi versucht, die spärlichen Hinweise zu einem großen Ganzen zusammenzufügen, gibt es die ersten Toten...