Ismaiel har flytt från Iran och lever som politisk flykting i Holland. Där ger han sig i kast med att tolka sin dövstumme far Agha Akbars efterlämnade dagbok. Det blir en resa som förändrar hans liv.

Arbetet försvåras emellertid av att fadern aldrig lärde sig skriva på riktigt utan helt enkelt efter bästa förmåga kopierade kilskriften i en berömd grotta. I takt med att sonen lyckas tolka texten kommer han också närmare sin far - men också det land vars religiösa ledning tvingat honom i politisk exil.
Faderns berättelse inleds i början av nittonhundratalet. Han växer upp i en trakt som är känd för att väva de finaste mattorna i hela Persien - mattor som är så tjocka att vissa tror sig kunna flyga om man sitter på dem. Och inte långt därifrån ligger också den berömda grottan där den förste kungen av Persien lät hugga in en text i kilskrift om Mahdi, Messias, som ska komma och befria världen.
Men allt förändras med statskuppen 1921. General Riza Khan utropar sig till kung och en våldsam modernisering tar vid för landet som döps till Iran.

Dagbok i kilskrift är en rörande och tidlös berättelse om bandet mellan far och son - ett band som varken tid, geografiska avstånd eller politiska skeden kan bryta.