Stockholm skakas av en rad märkliga och kusliga händelser: människor avlider oförklarligt, kyrkklockorna visar fel tid och en hund börjar plötsligt tala och påstår sig vara en kittelflickare från 1700-talet - verkligheten är kort sagt satt ur spel. Vi kommer in i handlingen år 1953, under den första stora rivningsvågen som främst drabbade Klarakvarteren, tillhåll för Nils Ferlin och de andra legendariska Klarabohemerna, och även den stadsdel där de stora dagstidningarna hade sina redaktioner. Huvudpersonen Alf är en ung man med författardrömmar, som gärna skulle vilja bli en av Bröderna i Klara, men som avbryts i sitt visdiktande när hans hund Napoleon blir besatt av en gengångare. Tillsammans med flickvännen Estella, som redan från början är intresserad av det övernaturliga, och den professionelle spökletaren professor Munthe börjar Alf undersöka vad som håller på att hända med Stockholm, och snart är de sanningen på spåret: Det är de döda människor, framför allt från Bellmans tid på 1700-talet, som bott i de rivna husen som kommit tillbaka för att hämnas. Det drar ihop sig till en fruktansvärd slutstrid mellan levande och döda Stockholmare om hur deras stad egentligen ska se ut! Den andra staden, som historien utspelas i, är alltså det Stockholm som inte längre finns: Bellmans och Klarabohemernas Stockholm. Albumet är samtidigt en spännande äventyrsberättelse och en orgie i kärleksfullt tecknade Stockholmsmiljöer som dukat under för grävskoporna. Jonas Jansson, som debuterar som serieskapare med Den andra staden, har gjort ett imponerande forskningsarbete för att få miljöerna så realistiska som möjligt. Boken avslutas med ett faktakapitel där han berättar om sin fascination för det gamla Stockholm och hur han har gått till väga för att återskapa det i sitt seriealbum. Serien går som följetong i Dagens Nyheter oktober 2001 - augusti 2002.