Dentro de las comunidades de la Tercera Orden Regular, aunque todos los frailes debían ser iguales, como su propia denominación de hermanos indica, la realidad es que había una clara división entre legos y clérigos; los legos, que no habían tomado las órdenes sagradas, se dedicaban fundamentalmente a trabajos manuales y de servicio a la comunidad, como criados e incluso procuradores del convento, mientras que los sacerdotes y demás ordenados in sacris estaban destinados al culto divino y a los estudios. Entre los clérigos también gozaban de ciertos privilegios los que habían terminado su formación académica y habían ejercido como catedráticos en los estudios de la Orden, pues entre ellos se nombraba normalmente al superior y a los demás cargos de gobierno de la comunidad.

La provincia TOR andaluza, aunque dependiente del ministro general observante e inserta en la estructura administrativa de la Ordo Fratrum Minorum, tenía instituciones propias para su gobierno interno. Así, todos los conventos estaban bajo la autoridad del ministro provincial, elegido en el capítulo provincial, que era asesorado por el discretorio, una especie de consejo de notables.

El día a día de los religiosos giraba en torno al rezo del oficio divino en el coro. Así, la jornada se dividía en siete horas canónicas que marcaban no sólo los momentos para rezar, sino también el resto de las actividades cotidianas. Aunque la vida de los religiosos debía desarrollarse en estricta clausura, la cotidianidad y la misma naturaleza de mendicantes de los franciscanos terceros hacía imposible que se observara plenamente esta norma. En la práctica, la vida activa se imponía sobre la contemplativa, más propia de los monjes.