Tallinna vuonna 1431. Tallinnan raadinapteekin pitäjä apteekkari Melchior valmistelee poikansa lähtöä Saksaan apteekkarinopintoihin, kun hänet yllättäen kutsutaan Piritan luostariin viisaiden miesten konsiiliin. Luostarin mailta on lumien sulettua löydetty tuntemattoman miehen ruumis. Kun seuraava uhri, yksi luostarin nunnista, löydetään kuoliaaksi kuristettuna, alkaa Piritan kuristajaksi nimetyn murhaajan jäljittäminen.

Luostarin abbedissan Kandisin pyynnöstä apteekkari Melchior lupaa selvittää syyllisen. Luostarin asukkaista useammallakin tuntuu olevan salattavaa ja mahdollinen motiivi surmatöihin. Melchior uppoutuu tutkimuksissaan luostarin historiaan, jonka pyörteet vievät hänet aina Piritan alkuvaiheisiin ja sukupolvelta seuraavalle siirtyneisiin salaisuuksiin.

Piritan kuristaja on neljäs osa Indrek Harglan keskiaikaiseen Tallinnaan sijoittuvassa Apteekkari Melchior -sarjassa, jossa ovat aiemmin ilmestyneet Apteekkari Melchior ja Olevisten kirkon arvoitus, Apteekkari Melchior ja Rataskaivonkadun kummitussekä Apteekkari Melchior ja pyövelin tytär.