L'Atles Manual de la Història de Catalunya recull més d'un miler de mapes, la gran majoria completament inèdits. Completen els mapes uns breus textos i uns gràfics sobre cada tema. L'estructura de l'obra segueix una distribució a doble pàgina, cadascuna presentada de manera independent. Cada volum compta amb una relació de les fonts utilitzades per a la confecció dels mapes, una bibliografia general i un índex toponímic.