Erityisopetukseen tarkoitettu Salainen aapinen on vastaavaa yleisopetuksen Salaista aapista (WSOY) helpompi. Kaikki tekstit ovat suuraakkosin. Aapisessa on yhdellä sivulla vain vähän tekstiä, ja tekstit vaikeutuvat tavanomaista hitaammin tavu-, sana- ja lausetasolla.

Erityistä tukea tarvitseville tehty Salainen aapinen on lähes samannäköinen kuin yleisopetuksen kirja. Kaikille oppijoille on mahdollista näin tarjota yhteinen kokemusmaailma. Salaisessa aapisessa Sisu-kissa, Samu, Alisa ja muu ullakon väki oppii lukemisen ohella yhdessä tärkeitä asioita ystävyydestä, tunteista ja erilaisuudesta.

Erityisopetukseen tarkoitettu kirja palvelee iältään, valmiuksiltaan tai kieleen liittyvien kokemusten suhteen erilaisia oppijoita. Joidenkin kohdalla aapisen käyttö voi tarkoittaa oppimisen valmiuksien tai kielellisen tietoisuuden kehittämistä, toisilla taas yksilöllistä lukemisen ja kirjoittamisen harjoittelua.

Salainen aapinen etenee seitsemän kirjainjakson harjoittelun mukaisessä järjestyksessä. Kirjan loppuosan Enon kuntokoulu soveltuu äänne-kirjainvastaavuuden, tavujen, sanojen ja lyhyiden lauseiden kertaavaan ja eriyttävään harjoitteluun.