Roma, 1604. In un'atmosfera buia dominata dal severo clima della Controriforma, sono sempre di più i pittori che affondano le loro immagini in una cornice di oscurità avvolgente. Caravaggio è un artista di punta che utilizza spesso, per i suoi quadri, modelle di estrazione popolare. Un giorno Anna Bianchini, una prostituta che aveva posato per lui, viene trovata morta nel suo letto dall'amica Fillide, altra cortigiana e musa del pittore. Giunto a casa di Anna, Caravaggio ritrae le due donne un'ultima volta nella "Morte della Vergine": Anna nella figura della Madonna appena deceduta e Fillide in quella della Maddalena afflitta al suo capezzale. Il quadro, consegnato nel 1606, fa scandalo e viene rifiutato dalla chiesa di Santa Maria della Scala. Ma ormai la vita di tutte le modelle di Caravaggio sembra essere a rischio: anche Fillide è vittima di un tentato omicidio, e il pittore è preoccupato per la sua compagna Lena Antognetti, ex prostituta anche lei. Le indagini in corso portano a un funzionario della corte pontificia, il committente della "Morte della Vergine", fanatico e rigido moralista. Un uomo che il pittore denuncia ritraendolo in quel quadro, sullo sfondo, e con aria di sfida. Ma quando Caravaggio intuisce il vero movente di quei delitti, è costretto a fuggire da Roma, senza riuscire a salvare Lena, la donna che ama...