Jason Bourne är känd och fruktad i de hemliga agenternas värld som en högt begåvad yrkesmördare. Bourne är emellertid bara en falsk identitet, använd av CIA-agenten David Webb. Det har nu gått många år sedan händelserna i "Kodnamn Schakalen", Webb har slutat som agent och lever ett stillsamt liv som professor vid Georgetown University.

En dag blir han beskjuten av en okänd man och på falska bevis misstänkt för mord på sina två närmaste medarbetare. Webb tvingas kämpa inte bara mot en okänd angripare utan också mot CIA som tror att han hoppat av och blivit ett hot mot dem. De sätter in alla resurser för att hitta honom och Bourne-identiteten tar kontroll över Webb när han nu måste använda sig av all sin yrkesskicklighet i ett spel som är farligare än någon kan ana.