Jason Bourne joutuu yllättäen salamurhaajan kohteeksi Balilla. Kuka haluaa hänen päänsä vadille? Selvittääkseen asian Bourne lavastaa oman kuolemansa ja ottaa itselleen uuden identiteetin.

Samaan aikaan toisella puolen maapalloa iranilainen ohjus ampuu alas amerikkalaisen matkustaja koneen Egyptin yläpuolella. USA:n salainen palvelu lähtee paikan päälle selvittämään, onko kyseessä sattuma vai suunniteltu isku.