Jason Bourne jäljittää terroristien ydinjoukkoa, jonka isku uhkaa Amerikan merkittävimpiä luonnonvaroja. Avukseen hän tarvitsee pitkäaikaisen ystävänsä kenraali Boris Karpovin, joka on juuri nimetty Venäjän pelätyimmän tiedustelujärjestön johtoon.

FSB-2:n johdossa pysyäkseen Karpovin on tuhottava Bourne. Kello tikittää kohti tuhoa, joka toteutuessaan vie mukanaan Amerikan taloudellisen ja sotilaallisen valta-aseman. Jos Bourne ja Karpov tuhoavat toisensa, pelastumisen mahdollisuutta ei ole.