Suomen vesistöt, erilaiset järvityypit ja niiden planktonkannat selvitettiin pääpiirteittäin jo viime vuosisadan alkupuolella, etenkin professori Heikki Järnefeltin työn tuloksena. Toisen maailmansodan jälkeen tutkijoita on työllistänyt ihmisen aiheuttama vesistöjen saastuminen. Vesien suojeluun onkin kiinnitetty erityistä huomiota niin käytännön toimin kuin tutkimuksen eri alueilla. Soveltavan tutkimuksen uudeksi haasteeksi on sittemmin tullut myös järvien ja jokien kunnostaminen. Rannikkovesien suojeluun on taas käynnistetty useita projekteja yhdessä muiden Itämeren maiden kanssa. Inland and Coastal Waters of Finland julkaistiin Lahdessa 2004 pidetyn 29. kansainvälisen limnologien maailmankongressin aattona ja antaa monipuolisen kuvan alan nykytutkimuksesta Suomessa.