Zoonosen sind Krankheiten bzw. Infektionen, die auf natürlichem Weg direkt oder indirekt zwischen Menschen und Tieren übertragen werden können. Mit Zoonoseerregern kontaminierte Lebensmittel stellen eine wichtige Infektionsquelle für den Menschen dar. Beim Zoonosen-Monitoring werden repräsentative Daten über das Auftreten von Zoonoseerregern in Lebensmitteln, Futtermitteln und lebenden Tieren erfasst, ausgewertet und veröffentlicht. Weiterhin dient das Zoonosen-Monitoring der Überwachung von Antibiotikaresistenzen bei Zoonoseerregern und anderen Mikroorganismen.​