Kuusi vuotta on kulunut Lunapolisin laajamittaisesta konfliktista, kun Donpachi Corps havaitsee päämajastaan kuussa häiriön. Tutkimukset paljastivat, että sen syy oli kiinteän aineen massiivinen siirtyminen menneisyyteen. Tästä teosta vastuussa oli Elemental Doll "EXY", jonka oletettiin tuhoutuneen taistelun lopussa 6 vuotta aiemmin.
Taistelu EXY:n, joka suunnittelee historian uudelleenkirjoittamista matkustamalla ajassa taaksepäin, ja Donpachi Corpsin välillä, jotka haluavat pysäyttää hänet, alkaa Japanissa toukokuussa 2008, ja maailma on jälleen sodan liekkien vallassa.
Kahdeksan erilaista tilaa jokaiselle Dodonpachi-tuulettimen tasolle.
Aloittelijatila, tehty aloittelijoille, ja Järjestä-tila, joka on luotu kotipelaamiseen.
Suurempi strategia kuin koskaan ennen laukauksia vaimentavan Hyper Counter and Counter Laserin ansiosta se pystyy työntämään vihollisen lasereita takaisin.