Los orígenes del Colegio de jesuitas en Alcalá se remontan prácticamente a los de la propia Compañía, ya que su elección se debe a la favorable impresión que la universidad alcalaína había creado en San Ignacio durante su estancia en la entonces villa, entre los años 1526 y 1527. Sin embargo, su origen material se debe a la llegada a Alcalá del Jesuita Francisco de Villanueva en 1543, para estudiar en la universidad.