The Callisto Protocol on tarinavetoinen kolmannen persoonan selviytymiskauhupeli, joka sijoittuu 300 vuotta tulevaisuuteen. Olet Jacob Lee, joka on heitetty kohtalon oikusta Jupiterin Callisto-kuussa sijaitsevaan korkean turvatason Black Iron -vankilaan. Vankila joutuu kaaoksen valtaan, kun vangit alkavat muuttua hirviömäisiksi olennoiksi. Selviytyäkseen Jacobin on taisteltava tiensä turvaan ja paettava Black Iron -vankilasta samalla, kun hän paljastaa synkkiä ja järkyttäviä salaisuuksia Calliston pinnan alta. Jacobin on ainutlaatuista räiskinnän ja lähitaistelun sekoitusta käyttämällä muokattava taktiikoitaan taistellakseen nopeasti kehittyviä olentoja vastaan ja pengottava paikkoja avatakseen uusia aseita, varusteita ja kykyjä, jotka auttavat häntä pakenemaan kasvavalta uhalta ja Jupiterin kuolleen kuun kauhuilta.