Peli seuraa kolmen oppilaan, Ao Hoshizakin, Kokoro Utsubon ja Yuki Kinjoun, seikkailuja. Kolmikko ajautuu salaperäiseen ilmassa kelluvaan oppilaitokseen, jossa heidän tulee etsiä vihjeitä löytääkseen tiensä takaisin kotiin. He ovat myös menettäneet muistinsa ja selvittääkseen mysteeriä he joutuvat kohtaamaan hirviöiden lauman. Taistellessaan pahoja olentoja vastaan he avaavat tuntemattomia voimia, joka syventävää ympäristön salaperäisyyttä entisestään. Ystävysty muiden oppilaiden kanssa ja työskentele heidän kanssaan. Syvenevän ystävyyden kautta he tulevat lopulta lähemmäksi mysteeriä ja löytävät syyt siihen, miksi he ovat menettäneet muistinsa.