Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout jatkaa Atelier-sarjaa uudella tarinalla. Peli yhdistelee perinteisempää vuoropohjaista taistelua, pelimaailman tutkiskelua ja asioiden luomista synteesin voimalla. Kuvankaunis roolipeli kertoo tarinan teinipoika Ryzasta, joka on joutunut kotikylässään kavereiden kiusan kohteeksi. Eräänä päivänä Ryza ja hänen kaverinsa tapaavat vanhan taikurin, joka muuttaisi heidän elämänsä ikuisesti. Taikuri opettaa Ryzalle alkemiaa, joka vie hänet uuteen seikkailuun. Viime kädessä hän joutuu pelastamaan kylänsä, jota vainoaa salaperäinen pimeys. Lähde mukaan unohtumattomalle tutkimusmatkalle Ryzan seurassa.