Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy jatkaa Atelier-sarjaa jälleen uudella tarinalla. On kulunut 3 vuotta ystävien viimeisestä kohtaamisesta, kunnes he tapaavat jälleen uuden seikkailun merkeissä. Luodaksesi uusia esineitä ja taikajuomia sinun tulee etsiä ja kerätä erilaisia raaka-aineita, joka onkin todella hauskaa puuhaa. Raaka-aineita on joka puolella – myös veden pinnalla, veden pinnan alta ja vedenalaisessa luolassa. Oppikirjoista voit etsiä reseptejä esineiden ja taikajuomien tekoon, kiehauttaa ne padassa ja ottaa mukaan vuoropohjaisiin taisteluihin. Matkallaan Ryza tapaa mysteerisen Fi- olennon, jolla on "aarre" mukanaan. Fi liittyy seuraanne ja tehtäväsi on suojella hänen kallisarvoista aarrettaan. Lähde mukaan unohtumattomalle tutkimusmatkalle Ryzan ja hänen ystävien seurassa selvittäksenne yhdessä myyttisten raunioiden salaisuudet.