Kauan sitten pieni maalaisaave Aapeli onki kuunvalossa ja haaveili mahdottomia kotiaitassaan. Se halusi tulla oikeaksi linnankummitukseksi. Joskus hullutkin haaveet toteutuvat. Aapeli on nyt arvostettu linnankummitus Filemon, jolla on kumppaninaan neuvokas Bettan. Iltaisin Filemon onkii oman Haamulinnansa laskusillalla ja miettii ihmeellistä aaveoloaan.

Tietäjäaave Metusalem oli aikoinaan opettanut, että aito linnankummitus pystyy puolustamaan linnaansa sekä ihmisiä että toisia kummituksia vastaan. Kun Haamulinnan tienoilla alkaa hiippailla molempia, ovat Filemonin ja Bettanin kyvyt koetuksella. Apujoukoikseen he saavat vallihaudan yrmeän kilpikonnan, hurjan seitsenpäisen Styks-aaveen ja – hui kauhistus – ihmislapsen!
Ja kun Bettan alkaa syödä lunta ja kierrellä hautakumpujen läheisyydessä, saa Filemon huomata, ettei ihmeiden aika ole vielä ohi. Haamulinnaan on tulossa uusia asukkaita.

Aavepoika Aapeli & ihmeiden aika on ihastuttavan Aavepoika-sarjan päätösosa. Aiemmin ovat ilmestyneet Aavepoika Aapeli & Mörkölinna (2016) sekä Aavepoika Aapeli & muinainen Metusalem (2018).