Tutkimus, seuranta ja tietojärjestelmät -asiantuntijaryhmä on laatinut kaksiosaisen mietinnön biodiversiteetin tilan seurannan järjestämisestä. Ehdotettava seurantaohjelma jakaantuu kahteen osaan yleisseurantoihin ja erityisseurantoihin. Mietinnön ensimmäisessä osassa käsiteltiin pääasiassa yleisseurantoja. Tässä toisessa osassa keskitytään erityisseurantoihin.
Erityisseurantojen kohteena ovat kansallisesti tai kansainvälisesti uhanalaiset tai muuten arvokkaat lajit ja luontotyypit, joiden seurantavelvoite tulee laji- ja luontotyyppikohtaisesti erilaisista säädöksistä ja sopimuksista.