Suomen sota alkoi 21.2.1808. Porvoon valtiopäivät kokoontuivat 28.3.1809 ja Haminan rauha solmittiin 17.9.1809. Suomeen luotiin oma keskushallinto 2.10.1809, kun hallituskonselji aloitti toimintansa. Konselji oli suomen suuriruhtinaskunnan ylin hallintoelin. Autonominen Suomi oli saanut alkunsa.

Opetusministeriö on Suomen vanhimpia ministeriöitä: se aloitti toimintansa autonomian ajan alussa vuonna 1809 keisarillisen Suomen senaatin kirkollistoimituskuntana. Kirkollistoimituskunnan ensimmäinen virkamies oli Henrik Reinhold Bäck.

Suomen itsenäistymisvaiheessa 1917 toimituskunnan nimi muutettiin kirkollis- ja opetusasiainministeriöksi. Vuonna 1918 senaatista tehtiin valtioneuvosto ja toimituskunnaista ministeriöitä, jolloin nimi muuttui kirkollis- ja opetusasiainministeriöksi. Vuonna 1922 nimi lyheni opetusministeriöksi.

Tänä päivänä opetusministeriö vastaa osana valtioneuvostoa koulutus-, tiede-, kulttuuri-, liikunta- ja nuorisopolitiikan kehittämisestä ja kansainvälisestä yhteistyöstä.