Lunden väki muistaa vieläkin Sandön sillan, joka vuonna 1939 romahti rakennusvaiheessa jokeen ja vei mukanaan kahdeksantoista ihmistä. Vuosikymmeniä myöhemmin sukeltajat löytävät joen pohjasta luurangon, jota aluksi epäillään yhdeksi vuoden 1939 uhreista. Pian kuitenkin selviää, että miestä on ammuttu eikä ruumiskaan ole kovin vanha.
Poliisikonstaapeli Eira Sjödin saa jutun selvitettäväkseen. Kun kuolleen miehen kasvoista tehdään rekonstruktio, Sjödin
tajuaa nähneensä tämän jossain aiemminkin. Tutkimukset vievät Sjödinin vuoden 1968 kesään ja salaisen CIA-operaation äärelle. Liittyykö Eiran 80-vuotias naapuri jotenkin tapaukseen?
Selvittäessään murhaa Eira kamppailee myös yksityiselämänsä kanssa. Muistisairauden uuvuttama äiti ei enää tunnista tytärtään. Itse raskaana oleva Eira ei ole varma, kuka hänen kantamansa lapsen isä
on. Samaan aikaan Eiran menneisyydestä tuttu henkilö etsii häntä kuumeisesti.
Syväsatama on Tove Alsterdalin kiitetyn Ådalen-sarjan kolmas osa.