Far Cry 6 tutustuttaa pelaajan nykyaikaisen sissisodankäynnin maailmaan Yaran trooppisessa saarivaltiossa. Yara on kuin menneisiin vuosiin vangiksi jäänyt maa, jossa eletään yhtäältä unelmaa luonnonkauniista paratiisista ja toisaalta julman diktatuurin alaisena. Valtiota hallitsee presidentti Antón Castillo, joka pyrkii kasvattamaan pojastaan Diegosta seuraajansa. Johtajan, joka ymmärtäisi isänsä keinot kansan alistamiseen ja hallintaan. Vaikka presidentti Castillo pyrkii tuomaan johtamansa valtion takaisin entiseen loistoonsa, hänen keinonsa ovat äärimmäisen kyseenalaisia, sillä minkäänlaista vastarintaa ei hyväksytä.

Pelaajan hahmona on vastarintataistelija Dani Rojas, jota voi ohjastaa joko mies- tai naispuolisena soturina. Yara on täynnä vastarintaan valmiita sissitaistelijoita, jotka kuitenkin tarvitsevat tukea ja johtajuutta pyrkimyksissään pois diktatuurin ikeestä. Osin Danin johdolla muutkin sissit ovat valmiita tarttumaan aseisiin ja toimintaan, kun rauhanomaiset keinot vapauden ja oikeudenmukaisuuden nimissä eivät toimi. Ympäristönä Yara on monipuolinen ja se sisältää reheviä viidakoita ja pääkaupunki Esperanzan kaltaisia urbaaneja ympäristöjä. Pärjätäkseen ylivoimaista sotilasmahtia vastaan Danin täytyy sopeutua erilaisiin ympäristöihin sekä värvätä itselleen joukkoja. Lisäksi pelaaja tarvitsee avukseen monipuolista asevalikoimaa, erilaisia kulkuneuvoja sekä pelisarjan tunnetuksi tekemiä eläinkumppaneita. Viimeksi mainituista esimerkkinä mainittakoon söpö, mutta tehokas mäyräkoira Chorizo.

Pelin tarinavetoista kerrontaa on värvätty vahvistamaan joukko Hollywoodin palkittuja nimiä. Diktaattorijohtajana nähdään karismaattinen Giancarlo Esposito (Breaking Bad, Better Call Saul, The Boys) ja hänen poikanaan Anthony Gonzalez (Coco). Pelin tunnusmusiikista vastaa Narcos-sarjasta tuttu säveltäjä Pedro Bromfman. Aloituskohtauksen on ohjannut Emmy-palkittu Patrick Clair (Westworld, True Detective).